Ежиха королева Алина — добрый и справедливый правитель планеты, была свергнута доктором Роботником и его армией роботов. Роботник взял контроль над планетой и заставил её скрыться. Чтобы сохранить династию, королева Алина тайно прячет трёх своих детей: ежей Соника, Мэника и Соню после того, как дельфийский оракул рассказал ей о пророчестве, которое сообщало о том, что однажды они воссоединятся со своей матерью, чтобы сформировать Совет Четырёх, свергнуть Роботника и снова стать законными правителями планеты Мобиус. Между тем, Роботник полностью установил самодержавное правительство, и роботизировал всех, кто отказывался ему подчиняться. Он также заставил жителей платить ему ежедневную дань.
Когда Соник, Мэник и Соня вырастают, они узнают о пророчестве Оракула Дельфиуса и решают отправиться на поиски своей матери. Узнав об этом, Доктор Роботник посылает охотников Слита и Динго расправиться с ними, желая уничтожить царскую семью и не дать пророчеству сбыться.
У Соника, Мэника и Сони имеются магические медальоны, которые могут превращаться в музыкальные инструменты, которые могут использоваться как оружие, если трио находится в полной гармонии друг с другом. Медальоном Соника является электрогитара, медальоном Сони — клавишные, которые функционируют как генератор дыма, медальоном Мэника являются барабанная установка, которая имеет возможность контролировать сейсмическую активность; все медальоны также могут быть использованы в качестве лазерных пушек. Ёжики используют их не только для борьбы с доктором Роботником, но и в качестве инструментов для созданной ими рок-группы «Sonic Underground».