В далеком шестнадцатом веке на Японию напал могущественный демон. Император не испугался и не предал свой народ. По совету трех старых мудрецов, он выковал меч, обладающий волшебной доброй силой. Справиться с демоном Аку без мистической помощи было сложно, так как монстр обладал даром перевоплощения. И все же император победил врага, загнав его в высокие горы, после чего все самураи и ниндзя страны признали правителя самым отважным и сильным мужчиной в мире.
Увы, спокойная жизнь Японии длилась не долго – через несколько десятилетий Аку вырвался из скал. К этому времени император состарился, и сил на новое сражении не осталось. Единственная надежда на спасение – это маленький принц, сын императора, которого все называют Самурай Джек. Он еще слишком мал для взрослого боя, и поэтому, чтобы сохранить мальчику жизнь, придворные увозят его за границу, где бы он смог набраться опыта в боевых искусствах.
Вернувшись на родину, Джек видит, что Япония порабощена Аку. Первое же сражение показывает, что у демона появился достойный соперник. Аку не может противостоять Джеку, несмотря на то, что принимает облик то одного, то другого животного. Остается применить последнюю хитрость: сместить время и отправить храброго Самурая Джека в будущее.